【R】Covid-19　感染者数変遷

RのパッケージでNovel Coronavirus COVID-19 (2019-nCoV) DatasetがCRANで公開となった。早速、このデータで、コロナウイルスのconfirmedの国別の変遷をアニメーションで表現してみます。2020年1月22日～2020年5月12日のデータが掲載されています。

Rのコードはこちら

library(rworldmap)
library(gapminder)
library(animation)
library(magick)
library(dplyr)
library(tidyr)

ani.options(outdir=getwd(), convert = 'C:/Program Files/ImageMagick-7.0.10-Q16/convert.exe')

dat<-coronavirus::coronavirus

dat_confirmed<-dat[dat$type=="confirmed",]  # confirmedの場合のデータのみ扱う

dat_date<-unique(dat$date) #日付を抽出

replot <- function(){
  
  for(i in dat_date){
      
    ret<-dat_confirmed[dat_confirmed$date==i,]
    
    #日付、国別のデータにする
    dat_count<-ret %>%
      dplyr::group_by_('country') %>%
      dplyr::summarise_('Country.confirmed.total' = 'sum(cases)')
    
    lexp <- joinCountryData2Map(dat_count, joinCode="NAME", nameJoinColumn="country")
    mapCountryData(lexp, nameColumnToPlot="Country.confirmed.total", catMethod="fixedWidth", mapTitle = paste("Coronavirus  ", as.Date(i, origin="1970-01-01")), colourPalette = "heat",  addLegend = TRUE)
    
  }
  
}

saveGIF({replot()}, clean=TRUE, img.name="Coronavirus_World", movie.name="Coronavirus_World.gif")

結果が何か違う気もするが。。。コードを確認する時間がないので、また今度。。。