【R】Rdimtools

1. はじめに

Rdimtoolsは、次元削減のツールです。

2. インストール

CRANからインストールできます。

install.packages("Rdimtools")

3. 使ってみる

簡単な例を見ています。irisのデータを使って、Principal Component Analysis (do.pca), Diffusion Maps(do.dfm), Laplacian Score (do.lscore)をしてみます。最後にプロットして比較します。

library(Rdimtools)

val   = as.matrix(iris[,1:4])
label = as.factor(iris[,5])

do_pca = do.pca(val, ndim=2)
do_dfm = do.dm(val, ndim=2, bandwidth=10)
do_lap = do.lscore(val, ndim=2)

par(mfrow=c(1,3))
plot(do_pca$Y, pch=19, col=label, xlab="axis 1", ylab="axis 2", main="PCA")
plot(do_dfm$Y, pch=19, col=label, xlab="axis 1", ylab="axis 2", main="Diffusion Maps")
plot(do_lap$Y, pch=19, col=label, xlab="axis 1", ylab="axis 2", main="Laplacian Score")