【R】provenance

1. はじめに

provenanceは、来歴分析（provenance analysis）をするパッケージとデータセットです。

2. インストール

CRANからインストールできます。

install.packages("provenance")

3. つかってみる

このパッケージのビルトインデータセットは、次の10個あります。

DZ.csv, DZ.err.csv, PT.csv, HM.csv, PTHM.csv, Major.csv, Trace.csv, densities.csv and endmembers.csv

次のように呼び出して使えます。

library(provenance)
HM.fname.csv <- system.file("HM.csv",package="provenance") 
HM <- read.compositional(HM.fname.csv) 

データ操作とか。

coast.samples <- c('N1','N2','T8','T13','N12','N13')  
coast.HM <- subset(HM,select=coast.samples) 

> head(coast.HM)
$name
[1] "HM"

$x
    zr tm rt TiOx sph ap ep gt st and ky sil amp cpx opx
N1   1  1  0    0   0  1 10 24  2   0  0   0   1 163   1
N2   0  0  1    0   3  1 11 18  1   0  0   1   3 170   1
T8   0  1  0    0   2  0  7  1  0   0  0   0  25 162   2
T13  2  0  1    0   0  2 11  1  0   0  0   0  24 154   4
N12  3  0  0    1   0  1  5  3  0   0  0   0   8 184   5
N13  2  1  2    4   3  4 47 13  0   0  0   0  20 121   4

$method
[1] "bray"

$colmap
[1] "rainbow"

4. さいごに

Data manupulation もいろいろできるようです。