【R】rotl

1. はじめに

rotlは、もともとNESCENT/OpenTree/Arbor hackathon.で開発されていたもので、the Open Tree of Life data APIsと連携するためのパッケージです。このAPIはPythonやRubyでも使えるそうです。

2. インストール

CRANからインストールできます。

install.packages("rotl")

3. つかってみる

まずOpenTreeのIDを取得します。

library(rotl)
taxa <- c("Hyla", "Salmo", "Diadema", "Nautilus")
resolved_names <- tnrs_match_names(taxa)

  search_string unique_name approximate_match  ott_id is_synonym
1          hyla        Hyla             FALSE 1062216      FALSE
2         salmo       Salmo             FALSE  982359      FALSE
3       diadema     Diadema             FALSE 4930522      FALSE
4      nautilus    Nautilus             FALSE  616358      FALSE
  flags number_matches
1                    1
2                    1
3                    4
4                    1

データを取得してTreeをプロットしてみます。

tr <- tol_induced_subtree(ott_ids = ott_id(resolved_names))
plot(tr)

4. さいごに

まだまだいろいろできるようです。