【R】correlation

1. はじめに

correlationは、easystatsパッケージの一つで、correlation analysisを簡単に手軽にコンピュータで再利用しやすくしてくれるパッケージです。

2. インストール

CRANからインストールできます。

install.packages("correlation")

3. つかってみる

これだけで、相関を計算してくれます。

library(correlation)
library(tidyverse)
results <- correlation(diamonds)
results

> results
# Correlation Matrix (pearson-method)

Parameter1 | Parameter2 |     r |         95% CI | t(53938) |         p
-----------------------------------------------------------------------
carat      |      depth |  0.03 | [ 0.02,  0.04] |     6.56 | < .001***
carat      |      table |  0.18 | [ 0.17,  0.19] |    42.89 | < .001***
carat      |      price |  0.92 | [ 0.92,  0.92] |   551.41 | < .001***
carat      |          x |  0.98 | [ 0.97,  0.98] |  1021.06 | < .001***
carat      |          y |  0.95 | [ 0.95,  0.95] |   720.07 | < .001***
carat      |          z |  0.95 | [ 0.95,  0.95] |   733.79 | < .001***
depth      |      table | -0.30 | [-0.30, -0.29] |   -71.91 | < .001***
depth      |      price | -0.01 | [-0.02,  0.00] |    -2.47 | 0.013*   
depth      |          x | -0.03 | [-0.03, -0.02] |    -5.88 | < .001***
depth      |          y | -0.03 | [-0.04, -0.02] |    -6.82 | < .001***
depth      |          z |  0.09 | [ 0.09,  0.10] |    22.15 | < .001***
table      |      price |  0.13 | [ 0.12,  0.14] |    29.77 | < .001***
table      |          x |  0.20 | [ 0.19,  0.20] |    46.26 | < .001***
table      |          y |  0.18 | [ 0.18,  0.19] |    43.42 | < .001***
table      |          z |  0.15 | [ 0.14,  0.16] |    35.46 | < .001***
price      |          x |  0.88 | [ 0.88,  0.89] |   440.16 | < .001***
price      |          y |  0.87 | [ 0.86,  0.87] |   401.14 | < .001***
price      |          z |  0.86 | [ 0.86,  0.86] |   393.60 | < .001***
x          |          y |  0.97 | [ 0.97,  0.98] |  1012.79 | < .001***
x          |          z |  0.97 | [ 0.97,  0.97] |   939.39 | < .001***
y          |          z |  0.95 | [ 0.95,  0.95] |   722.36 | < .001***

p-value adjustment method: Holm (1979)
Observations: 53940

要約はこちら。

summary(results)

> summary(results)
# Correlation Matrix (pearson-method)

Parameter |       z |        y |        x |   price |    table |   depth
------------------------------------------------------------------------
carat     | 0.95*** |  0.95*** |  0.98*** | 0.92*** |  0.18*** | 0.03***
depth     | 0.09*** | -0.03*** | -0.03*** |  -0.01* | -0.30*** |        
table     | 0.15*** |  0.18*** |  0.20*** | 0.13*** |          |        
price     | 0.86*** |  0.87*** |  0.88*** |         |          |        
x         | 0.97*** |  0.97*** |          |         |          |        
y         | 0.95*** |          |          |         |          |        

p-value adjustment method: Holm (1979)

可視化も簡単。

results %>% 
  summary() %>% 
  plot()

partial correlationも扱えます。

library(see) # for plotting
library(ggraph) # needs to be loaded

diamonds %>%
  correlation(partial = TRUE) %>%
  plot()

4. さいごに

かなりお手軽なツールですね。easystatsには、この他にも様々なツールが含まれているようです。