【R】Bio-ORACLE

1. はじめに

Bio-ORACLEは環境に関するデータを提供してくれるサイトです。Rでの利用方法は、こちらに書いてあります。

2. インストール

CRANからインストールします。

install.packages("sdmpredictors")

3. 使ってみる

基本的な機能は次の通り。

library(sdmpredictors)

list_datasets() #パッケージのデータセットを眺めてみる

list_layers() #データセットにあるレイヤーを調べる

bathy <- load_layers(c("BO_bathymin", "BO_bathymean", "BO_bathymax")) #特定のレイヤーをダウンロード

layer_stats() #レイヤーの統計値をみる

layers_correlation()  #レイヤー間の相関係数を調べる

日本近海の海水温度の最高値を表示してみます。

library(sdmpredictors)

temp.max.bottom <- load_layers("BO2_tempmax_bdmax")

ne.atlantic.ext <- extent(110, 155, 20, 50)
temp.max.bottom.crop <- crop(temp.max.bottom, ne.atlantic.ext)

my.colors = colorRampPalette(c("#5E85B8","#EDF0C0","#C13127"))
plot(temp.max.bottom.crop,col=my.colors(1000),axes=FALSE, box=FALSE)
title(cex.sub = 1.25, sub = "Maximum temperature at the sea bottom (ºC)") 

続いてleafletで地図を描き、その場所のデータを表示。

library(sdmpredictors)
library(leaflet)
library(tidyverse)

layers.bio2 <- list_layers( datasets="Bio-ORACLE" )
layers.bio2

environment.bottom <- load_layers( layercodes = c("BO2_tempmax_bdmean" , "BO2_salinitymin_bdmean", "BO2_nitratemin_bdmean") , equalarea=FALSE, rasterstack=TRUE)
layer_stats("BO2_tempmax_bdmean")

bathymetry <- load_layers("BO_bathymean")

my.sites <- data.frame(Name=c("Sagami-bay, Japan, Pacific" , "Maspalomas, Spain, NE Atlantic" , "Guadeloupe, France, Caribbean Sea" , "Havana, Cuba, Caribbean Sea") , Lon=c(139.450749,-15.539,-61.208,-82.537) , Lat=c(35.068246, 27.794,15.957,23.040 ) )
my.sites 

m <- leaflet()%>% 
  addTiles() %>% 
  addMarkers(lng=my.sites$Lon, lat=my.sites$Lat, popup=my.sites$Name)
m

my.sites.environment <- data.frame(Name=my.sites$Name , depth=extract(bathymetry,my.sites[,2:3]) , extract(environment.bottom,my.sites[,2:3]) )
my.sites.environment 

> my.sites 
                               Name      Lon      Lat
1        Sagami-bay, Japan, Pacific 139.4507 35.06825
2    Maspalomas, Spain, NE Atlantic -15.5390 27.79400
3 Guadeloupe, France, Caribbean Sea -61.2080 15.95700
4       Havana, Cuba, Caribbean Sea -82.5370 23.04000

> my.sites.environment 
                               Name BO_bathymean BO2_tempmax_bdmean
1        Sagami-bay, Japan, Pacific         -958           3.733511
2    Maspalomas, Spain, NE Atlantic          -36          24.185324
3 Guadeloupe, France, Caribbean Sea          -16          29.990440
4       Havana, Cuba, Caribbean Sea          -18          30.252787
  BO2_salinitymin_bdmean BO2_nitratemin_bdmean
1               34.30674          3.833349e+01
2               36.62469          1.363632e-06
3               34.33975          6.331363e-07
4               35.83554          2.610809e-05

4. さいごに

様々な環境データを扱えて便利ですね。