【R】tidyHeatmap

1. はじめに

tidyHeatmapは、tidyの精神を受け継ぎheatmapを表現できます。

2. インストール

Githubからインストールします。

devtools::install_github("stemangiola/tidyHeatmap")

3. 使ってみる

library("tidyHeatmap")
library("tidyverse")
mtcars_tidy <- 
  mtcars %>% 
  as_tibble(rownames="Car name") %>% 
  mutate_at(vars(-`Car name`, -hp, -vs), scale) %>%
  pivot_longer(cols = -c(`Car name`, hp, vs), names_to = "Property", values_to = "Value")

mtcars_tidy

mtcars_heatmap <- 
  mtcars_tidy %>% 
  heatmap(`Car name`, Property, Value ) %>%
  add_tile(hp)

mtcars_heatmap

# A tibble: 288 x 5
   `Car name`       hp    vs Property Value[,1]
   <chr>         <dbl> <dbl> <chr>        <dbl>
 1 Mazda RX4       110     0 mpg          0.151
 2 Mazda RX4       110     0 cyl         -0.105
 3 Mazda RX4       110     0 disp        -0.571
 4 Mazda RX4       110     0 drat         0.568
 5 Mazda RX4       110     0 wt          -0.610
 6 Mazda RX4       110     0 qsec        -0.777
 7 Mazda RX4       110     0 am           1.19 
 8 Mazda RX4       110     0 gear         0.424
 9 Mazda RX4       110     0 carb         0.735
10 Mazda RX4 Wag   110     0 mpg          0.151
# ... with 278 more rows

4. さいごに

他に色々機能がありますが、時間がないのでこの辺で。このパッケージはシリーズもので、次のサイトも見てみるといいらしいです。

Please have a look also to

• tidyseurat for tidy high-level data analysis and manipulation
• nanny for tidy high-level data analysis and manipulation
• tidygate for adding custom gate information to your tibble
• tidyHeatmap for heatmaps produced with tidy principles