【R】rvertnet

1. はじめに

rvertnetは、生物多様性のデータをフリーで提供することを目的にしたプロジェクトVertNetからデータを取得してくるパッケージです。

2. インストール

CRANからインストールできます。

install.packages("rvertnet")

3. 使ってみる

検索してみます。

アイダホの鳥類の結果を5件取得してみます。

library('rvertnet')
res <- searchbyterm(class = "Aves", stateprovince = "Idaho",
                    limit = 5, messages = FALSE)

res$meta

> res$meta
$request_date
[1] "2021-05-16T05:25:15.028557"

$response_records
[1] 5

$submitted_query
[1] "class:Aves stateprovince:Idaho"

$request_origin
[1] "35.693825,139.703356"

$limit
[1] 5

$last_cursor
[1] "False:CqoFCooDCtwC9wAAABn_____jIGJmo2LkZqL0o-QjYuek96WkZuah9LNz87M0s_H0s_H_wAA_3RtoKCZi4ygoP8AAP9dno-PmpGYlpGa_wAA_3N0bZaRm5qH_wAA_12biJz_AAD_c3Rtm5CcoJab_wAA_12cnozQkI2R0IqNkdKcnouek5CY0pyejNKQjZHSy8nGzMb_AAD_c3-cnozQkI2R0IqNkdKcnouek5CY0pyejNKQjZHSy8nGzMb_AAD__wD-__6MgYmajYuRmovSj5CNi56T3paRm5qH0s3PzszSz8fSz8f_AHRtoKCZi4ygoP8AXZ6Pj5qRmJaRmv8Ac3RtlpGbmof_AF2biJz_AHN0bZuQnKCWm_8AXZyejNCQjZHQio2R0pyei56TkJjSnJ6M0pCNkdLLycbMxv8Ac3-cnozQkI2R0IqNkdKcnouek5CY0pyejNKQjZHSy8nGzMb_AP_-EAUhBN0EkB08Gxk5AAAAAOb___9IBVAAWgsJLBJdHpr2l7oQA2Dj0bmwARINRG9jdW1lbnRJbmRleBrpAShBTkQgKElTICJjdXN0b21lcl9uYW1lIiAiYXBwZW5naW5lIikgKElTICJncm91cF9uYW1lIiAic352ZXJ0bmV0LXBvcnRhbCIpIChJUyAibmFtZXNwYWNlIiAiaW5kZXgtMjAxMy0wOC0wOCIpIChJUyAiaW5kZXhfbmFtZSIgImR3YyIpIChBTkQgKE9SIChRVCAiQXZlcyIgInJ0ZXh0X2NsYXNzIikgKElTICJyYXRvbV9jbGFzcyIgImF2ZXMiKSkgKFFUICJJZGFobyIgInJ0ZXh0X3N0YXRlcHJvdmluY2UiKSkpOhkKDChOIG9yZGVyX2lkKRABGQAAAAAAAPD_SgUIAEDoBw"

$query_version
[1] "search.py 2016-08-15T16:43+02:00"

$matching_records
[1] ">10000"

$api_version
[1] "api.py 2017-11-24T12:16-03:00"

res$data[,1:3]

> res$data[,1:3]
# A tibble: 5 x 3
  georeferenceprotocol       higherclassification   stateprovince
  <chr>                      <chr>                  <chr>        
1 MaNIS/HerpNet/ORNIS Geore~ Animalia; Chordata; A~ Idaho        
2 MaNIS/HerpNet/ORNIS Geore~ Animalia; Chordata; A~ Idaho        
3 MaNIS/HerpNet/ORNIS Geore~ Animalia; Chordata; A~ Idaho        
4 MaNIS/HerpNet/ORNIS Geore~ Animalia; Chordata; A~ Idaho        
5 MaNIS/HerpNet/ORNIS Geore~ Animalia; Chordata; A~ Idaho   

座標からもデータを取得できます。

library(tidyverse)
library(leaflet)

res <- spatialsearch(lat = 33.6, long = -112.2, radius = 3000,
                     limit = 10, messages = FALSE)
res$data %>% leaflet() %>% 
  addTiles() %>% 
  addMarkers(lng = ~as.numeric(decimallongitude), lat = ~as.numeric(decimallatitude), popup = ~startdayofyear )

4. さいごに

いろいろなデータを簡単に取得できそうでこれから使うことが楽しみです。